In de 70-er jaren van de vorige eeuw hebben natuur- en milieugroepen uit Gouda en omgeving de wens geuit een heemtuin op te richten. In 1973 is door een initiatief van de werkgroep Milieu Gouda een eerste plan voor een tuin opgesteld. Daarna is gezocht naar een gebied waar, op een klein oppervlak, de voor de veenweiden karakteristieke plantensoorten voor een breed publiek toegankelijk konden worden gemaakt. Dat werd gevonden in het recreatiegebied de Goudse Hout.
In 1984 zijn de Stichting en een werkgroep Heemtuin Goudse Hout opgericht. De Stichting bundelde de in de Goudse regio aanwezige kennis op het gebied van ontwikkeling en beheer van natuurterreinen. Ook kennis over natuur- en milieueducatie was ruim aanwezig. In de werkgroep participeerden de Provincie, het Recreatieschap en de Stichting. De werkgroep kreeg tot taak een inrichtingsplan voor een heemtuin te maken. Dat plan was in 1986 gereed. In 1987 werd het centrumdeel van de tuin overgedragen aan de Stichting Heemtuin Goudse Hout. De tweede fase van de tuin, het buitengebied met het hooiland, de grienden en de waterpartijen, werd in 1990 opgeleverd.